Pascasarjana UIN Raden Fatah sebagai unit pelaksana program berdasarkan Peraturan Menteri Agama (PMA) Republik Indonesia Nomor 53 Tahun 2015 Tentang Organisasi dan Tata Kerja dan PMA Nomor 62 Tahun 2015 Tentang STATUTA UIN Raden Fatah Palembang yang terdiri dari struktur kepemimpinan sebagai berikut: Direktur dan Wakil Direktur, Ketua Program Studi, Kepala Sub Bagian (Kasubag) Tata Usaha, dan Staff administrasi. Direktur Pascasarjana UIN Raden Fatah bertanggungjawab langsung kepada Rektor UIN Raden Fatah.
Untuk memperkuat sistem administrasi dan layanan akademik Pascasarjana UIN Raden Fatah memiliki Majelis Pertimbangan Akademik (MPA). MPA dibentuk untuk memberikan masukan dan saran yang dibutuhkan oleh Pascasarjana UIN Raden Fatah dalam rangka penetapan kebijakan makro yang akan diambil oleh Direktur. Untuk memperjelas fungsi dan tugas Pascasarjana, maka ditetapkanlah struktur organisasi Pascasarjana UIN Raden Fatah untuk Tahun Akademik 2022/2023 .